El grupo de investigación en Ecología y Contaminación Acuática busca desarrollar investigación multidisciplinar, que permita mejorar el entendimiento de los procesos ecológicos y los efectos que tienen diferentes contaminantes sobre los ecosistemas, con énfasis en la evaluación de en un contexto de cambios globales, aportando a mejorar la efectividad de las estrategias de manejo y conservación de los bienes y servicios ecosistémicos asociados a los ecosistemas marinos, de los cuales las comunidades costeras son altamente dependientes. Para esto, el grupo de investigación está trabajando en las siguientes líneas de investigación:

1. Ecología y Monitoreo de ecosistemas: Como respuesta a la necesidad de conocimientos de línea base de
los ecosistemas marinos de Colombia, especialmente a los de la región Pacifica, necesarios para una
planeación solida del manejo y conservación de estos ecosistemas, se han desarrollado investigaciones
relacionados con la dinámica de comunidades de organismos marinos y su relación con las variables
ambientales, dinámica de ecosistemas y evaluaciones de biodiversidad.  Dentro de esta línea de investigación el grupo ha desarrollado 3 proyectos de investigación, 14 publicaciones y 15 tesis y trabajos de grado.  

Objetivo: Estudiar la dinámica ecológica y la biodiversidad a través del monitoreo de ecosistemas, que permitan identificar cambios a mediano y largo plazo en ecosistemas acuáticos, en un contexto de cambio climático y modificación de los ecosistemas. 

Temas de investigación: 
Evaluación de la biodiversidad e identificación de prioridades de conservación. 
Respuesta de las comunidades de organismos a cambios ambientales. 
Caracterización ambiental de ecosistemas. 

2. Contaminación e impactos ambientales en ecosistemas 
En un contexto de cambio climático, aumento de la contaminación y crecientes impactos ambientales generados por el crecimiento de la población y desarrollo de infraestructuras en zonas costeras, se han desarrollado investigaciones sobre la distribución y efectos de la contaminación por plásticos, la acumulación de metales pesados, riesgos por consumo de organismos marinos, efectos de modificaciones
del hábitat y cambios en la calidad del agua. Dentro de esta línea de investigación dentro del grupo se han desarrollado 5 proyectos de investigación, 9 publicaciones y 11 tesis y trabajos de grado.  
Objetivo: Identificar y evaluar procesos de contaminación e impacto ambiental, determinando sus efectos sobre los componentes bióticos y abióticos de los ecosistemas. 
Temas de investigación: 
Contaminación por plásticos (microplásticos y macroplásticos) en playas, ambientes submareales, manglares, agua, organismos y sus efectos en los ecosistemas.  Contaminación por metales pesados en compartimentos abióticos y organismos y sus efectos en los
ecosistemas. Efectos de cambios en la calidad del agua sobre los ecosistemas. Efectos de las modificaciones de habitad (dragados, minería, etc