Laboratorio IN-SILICO
Área:
El Laboratorio de Estudios In-silico del Instituto iÓMICAS desarrolla modelos matemáticos y simulaciones computacionales para analizar procesos físicos, químicos y biológicos a diferentes escalas. Realizamos simulaciones de primeros principios para diseñar moléculas específicas y empleamos dinámica molecular para estudiar proteínas y superficies funcionalizadas. Además, utilizamos algoritmos avanzados para analizar datos de nano-sensores y, en ciencias ómicas, aplicamos aprendizaje automático y grafos para investigar recombinación cromosómica y funciones genéticas, especialmente en cultivos como el frijol. También exploramos la dinámica de fluidos mediante simulaciones avanzadas, generando conocimiento que conecta la biología computacional con soluciones tecnológicas aplicadas.
Mapa laboratorio
Tipo:
Equipos
Clúster de cómputo de alto rendimiento - HPC
El sistema HPC es un equipo compuesto por 22 nodos de procesamiento y un sistema de almacenamiento compartido que ofrecen una capacidad de procesamiento de 36.5 billones de operaciones numéricas de doble precisión por segundo (TFLOPS) y que permiten la ejecución de procesos o cálculos con altos requerimientos de recursos, tales como cálculos de mecánica cuántica, cálculos de dinámica molecular (clásica y no clásica) y procesos de machine learninng.
Especificaciones técnicas:
• 880 núcleos (40 núcleos por nodo en dos procesadores Intel Xeon Gold 5218R 2.1GHz).
• 8.25 TB de memoria RAM (385 GB por nodo).
• 20 Tarjetas Graficas NVIDIA Quadro RTX 6000 24GB (distribuidas en 7 nodos).
• 83.6 TB de espacio de trabajo local temporal (3.8 TB por nodo).
• 3.4 TB de espacio de trabajo local temporal de alta velocidad (160 GB por nodo).
• 238 TB de espacio de trabajo compartido.
• 5 TB de espacio compartido de alta velocidad.
• Red de comunicación de 100Gbs, Infiniband EDR.
Servicios:
El HPC es utilizado por todos los proyectos (Genómica, Nanosensores, Metabolómica, Fenómica) que requieran realizar cálculos especialmente exigentes en cuanto a recursos computacionales.